1925 yılında tekke ve zaviyelerin kapatılması ile birlikte bunlara dair hususlar Başkanlığın görev alanından çıkarılmıştır. 429 sayılı yasa Başkanlık teşkilatı ve kadroları hakkında bir husus içermemiş, ancak 1924-1926 yılları bütçe kanunlarında kadro dereceleri ve sayıları belirtilmeksizin merkez teşkilatında, Reis, Heyet-i Müşavere, memurin-i merkeziye ve müstahdemin-i muhtelife; taşra teşkilatında ise müftiler, müfti müsevvidleri, müstahdemin-i ilmiye, vaizler, dersiamlar ve müftilikler müstahdemini kadroları maaş yekûnu olarak yer almıştır. 1927 Yılı Bütçe Kanunu’nda, 71’i merkezde olmak üzere toplam 7172 adet kadro tahsis edilen Diyanet İşleri Reisliği’nin merkez ve taşra teşkilatlarının idarî yapısı da ilk defa belirtilmiştir. Buna göre, merkez teşkilatında Heyet-i Müşavere ile Tetkik-i Mesâhif Heyeti Reisliği, Müessesât-ı Diniye Müdüriyeti, Memurîn ve Sicil Müdüriyeti, Levâzım Müdüriyeti, Tahrirat ve Evrak Müdüriyeti; taşrada ise vilayet ve kazalarda müftülükler yer almıştır. 1931 Yılı Bütçe Kanunu ile bütün cami ve mescitlerin idaresi ve bunların görevlileri Evkâf Umûm Müdürlüğü’ne devredilmiş ve bu sebeple Dini Müesseseler Müdürlüğü ile Levazım Müdürlüğü’nün personeli, 4081 hayrat hademesi, 26 cuma ve kürsü vaizi kadrolarıyla birlikte Evkâf Umum Müdürlüğü’ne geçmiştir. Alt yapısı zaten oldukça zayıf ve yetersiz bulunan Başkanlık, bu kanunla neredeyse işlevsiz hale gelmiştir. Söz konusu yanlış uygulama 1950 yılına kadar devam etmiştir. 22.06.1935 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 2800 sayılı “Diyanet İşleri Reisliği Teşkilat ve Vazifeleri Hakkında Kanun”, Başkanlığımızın ilk teşkilat kanunudur. Bu kanunda, teşkilatın yapısı, kadro durumu, merkez ve taşra görevlilerinin nitelikleri ve tayin usulleri belirlenmiş, her vilayet ve kazada bir müftü bulunacağı hükme bağlanmış, müftü seçimi usulü belirlenmiştir. 29.04.1950 tarihinde yürürlüğe giren 5634 sayılı Kanunla Diyanet İşleri Reisliği’nin adı “Diyanet İşleri Başkanlığı” olarak değiştirilmiş, Evkâf Umum Müdürlüğü’ne devredilen cami ve mescitlerin idaresi ve cami görevlileri (Hademe-i Hayrat) kadroları yeniden Diyanet İşleri Başkanlığı’na verilmiştir. 1961 Anayasası Diyanet İşleri Başkanlığı’nı Anayasal bir kurum olarak düzenlemiş, genel idare içinde yer vermiş ve bu kurumun, özel kanununda gösterilen görevleri yerine getirmesini öngörmüştür. 1982 Anayasası, ‘Genel idare içinde yer alan Diyanet İşleri Başkanlığı, laiklik ilkesi doğrultusunda, bütün siyasi görüş ve düşünüşlerin dışında kalarak ve milletçe dayanışma ve bütünleşmeyi amaç edinerek, özel kanununda gösterilen görevleri yerine getirir.’ hükmü ile Başkanlığın görevlerini yerine getirirken uyması gereken kıstasları belirlemiş, Başkanlığa tarihi bir misyon yüklemiştir. 5634 sayılı Kanunla oluşturulan Diyanet İşleri Başkanlığı’nın teşkilat ve kadro yapısı 1965 yılına kadar aynen devam etmiştir. 15.08.1965 tarihinde yürürlüğe giren 633 sayılı “Diyanet İşleri Başkanlığı Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun” Başkanlığın görevleri noktasında önemli bir açılım getirmiş, İslam dininin ahlak alanı ile işleri yürütmek de görevler arasında sayılmıştır. Kanun’da Başkanlığın görevi, ‘İslâm dininin inançları, ibadet ve ahlâk esasları ile ilgili işleri yürütmek, din konusunda toplumu aydınlatmak ve ibadet yerlerini yönetmek’ şeklinde ifade edilmiştir. Bu Kanunla, Başkanlıkla ilgili mevzuat tek metinde toplanmıştır. Daha sonraki yıllarda da ihtiyaca binaen eğitim merkezi müdürlüğü, hac işleri müdürlüğü gibi yeni birimler Bakanlar Kurulu kararlarıyla teşkilata ilave olmuştur. 26 Mart 1976 tarihli ve 1982 sayılı Kanun’la 633 sayılı Kanun’da bazı önemli yenilikler ve değişiklikler yapılmış ancak bu Kanun, Anayasa Mahkemesi’nin 18.12.1979 tarihli ve E.79/25-K:79/46 sayılı kararıyla usul yönünden iptal edilmiştir. Meydana gelen hukukî boşluk ancak 01.07.2010 tarihli ve 6002 sayılı Kanun ile 31 yıl sonra doldurulabilmiştir. 24.02.1978 tarihli ve 7/14656 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile bazı birimler daire başkanlığına dönüştürülmüş, eğitim merkezlerinin sayısı 5’e çıkarılmış ve ilk defa 10 adet Yurtdışı Din Hizmetleri Müşavirliği kadrosu ihdas edilerek, Başkanlığın yurtdışında da teşkilatlanması sağlanmıştır. 14.12.1983 tarihli Resmî Gazete’nin mükerrer sayısında yayımlanan 190 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin eki sayılan cetvellerde Başkanlığımıza tahsis edilen kadrolar da yayımlanmış ve 3046 sayılı “Bakanlıkların Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun”a uygun olarak Başkanlık yeniden teşkilatlandırılmıştır. Bu çerçevede, merkez teşkilatı bir Başkan, beş başkan yardımcısı, beş danışma ve denetim birimi, beş ana hizmet birimi ve dört yardımcı hizmetler birimi şeklinde; taşra teşkilatı 67 il müftülüğü, 582 ilçe müftülüğü ve 7 eğitim merkezi müdürlüğü şeklinde; yurt dışı teşkilatı ise 16 din hizmetleri müşavirliği ve 17 din hizmetleri ataşeliği şeklinde oluşturulmuştur. Başkanlığın mevcut teşkilat yapısı, 633 sayılı Kanun’da çok kapsamlı değişiklikler yapan 01.07.2010 tarihli ve 6002 sayılı Kanun ile belirlenmiştir. Söz konusu Kanun Başkanlığa çok önemli kazanımlar sağlamıştır. Başkanlık, hiyerarşik olarak genel müdürlük seviyesinden müsteşarlık seviyesine yükseltilmiş, iki sürekli kurula ilaveten dokuz adedi genel müdürlük seviyesinde olmak üzere on dört hizmet birimi oluşturulmuştur. Başkanın görev süresi 5 yıl ile sınırlandırılmış, bir kişinin en fazla iki kez bu göreve getirilebileceği hükme bağlanmıştır. Başkan yardımcılarının sayısı üçe düşürülmüştür. Din İşleri Yüksek Kurulu için üye seçimini yapacak heyetin kapsamı genişletilmiş, teşkilatın her kademesinden temsilcilerin katılımı sağlanmıştır. Gerek Din İşleri Yüksek Kurulu gerekse diğer birimlere verilen yeni birçok görevle uluslararası alanda etkin bir din hizmeti sunmanın yasal alt yapısı oluşturulmuştur. Bu bağlamda, çağımızda din hizmeti sunmanın bir gereği olarak cami dışı din hizmetlerinin önü açılmış, Başkanlık personelinin hizmet içi eğitimleri için gerekli alt yapı hazırlanmış, radyo ve televizyon kurulması Başkanlığa bir görev olarak verilmiştir. Başkanlık, toplumu din konusunda aydınlatma noktasında her türlü imkândan yararlanmaya memur edilmiştir. Modern yönetimin bir gereği olarak insan kaynakları yönetim sistemi benimsenmiş ve personelin kariyer sistemine göre alınarak yetiştirilmesi sağlanmıştır. Başkanlığın ihtiyaç duyduğu kadrolar ihdas edilerek personelin yıllardır mağdur durumda bulunduğu özlük hakları istenildiği gibi olmasa da iyileştirilmiştir. Özetle, söz konusu Kanun din hizmetlerinin önünü açmış, engel görülebilecek bazı hususları bertaraf etmiş, personelin uygun bir ortamda hizmet etmesini sağlamıştır.